La nefrolitiasi è una malattia complessa con molteplici fattori che contribuiscono, tra cui l'ambiente, lo stile di vita e le cause genetiche. La prevalenza della nefrolitiasi è aumentata del 70% negli ultimi tre decenni. I cambiamenti nella dieta, l'aumento della prevalenza del sovrappeso e della sindrome metabolica e il diabete sono spesso considerati probabilmente causali in questo aumento osservato.

Sebbene queste e altre variabili siano probabilmente importanti,  è stato ipotizzato che l'uso crescente di antibiotici sia anche un fattore che contribuisce allo sviluppo della nefrolitiasi. Il ruolo degli antibiotici potrebbe derivare da alterazioni nel microbioma intestinale di persone che li ricevono per una varietà di malattie infettive. 

Risultati recenti: gli studi sul microbioma intestinale si sono concentrati sulle forme di Oxalobacter, un batterio  anaerobio  gram negativo che colonizza frequentemente il colon umano. Come degradatore dell'ossalato fecale, la sua presenza è associata a ossalato urinario inferiore, che sarebbe protettivo contro la formazione di calcoli di ossalato di calcio ( sembra anche in grado di stimolare la secrezione di ossalato del colon.)

 Uno studio recente ha dimostrato che gli antibiotici possono eliminare la colonizzazione con Oxalobacter  formigenes.. Utilizzando il database THIN (Health Improvement Network) di bambini e adulti nel Regno Unito, è stato dimostrato che l'esposizione agli antibiotici aumenta le probabilità di nefrolitiasi. Lo studio ha incluso 25 981 pazienti con nefrolitiasi e 259 797 controlli corrispondenti per età, sesso e pratica. Dodici classi di antibiotici orali sono state valutate per un'associazione con la nefrolitiasi . L'esposizione a cinque diverse classi di antibiotici (sulfas, cefalosporine, fluorochinoloni, nitrofurantoina / metenamina e penicilline ad ampio spettro) 3-12 mesi prima della diagnosi di nefrolitiasi era associata a calcoli renali. La magnitudine dell'associazione era la più grande per quelli esposti a età giovani e 3-6 mesi prima di essere diagnosticata con nefrolitiasi. 

È importante notare che, sebbene i punti di forza delle associazioni diminuissero con il tempo dall'esposizione agli antibiotici, un'associazione per lo sviluppo della nefrolitiasi persisteva fino a 5 anni dopo aver ricevuto antibiotici da tutte le classi, ad eccezione degli antibiotici ad ampio spettro.

Altri effetti sul microbioma sono possibili ma non ancora supportati. Gli antibiotici sono ampiamente prescritti, con i bambini che ricevono più antibiotici rispetto ad altri gruppi di età, spesso per ragioni inappropriate. Esistono già ampi motivi per incoraggiare la gestione antibiotica, ma il possibile ruolo dell'esposizione agli antibiotici nel contribuire alla crescente prevalenza di calcoli renali nei bambini e negli adulti è un ulteriore motivo.